Les scripts :

• “standards” dans un fichier .R

• “Rmarkdown” dans un fichier .Rmd

Les “données” :

• un objet dans un .rds

• une liste d’objet dans un .Rdata

• RStudio :
  https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download

• Emacs + ESS :
  https://ess.r-project.org

• vim + Nvim-R :
  https://medium.com/free-code-camp/turning-vim-into-an-r-ide-cd9602e8c217

• Visual Studio + RTVS :
  https://docs.microsoft.com/en-us/visualstudio/rtvs

Lorsque vous quittez :

• Ne pas enregistrer votre espace de travail (workspace^*) !

Lorsque vous démarrez :

• Ne pas charger l’espace de travail sauvegardé précédemment !

^* Le workspace est automatiquement sauvegardé/chargé via un fichier nommé .Rdata (là où s’execute ).

• Réinitialiser la session en cours

• Réinitialiser les options()
  → options(stringsAsFactors = FALSE)^*

• Réinitialiser le répertoire de travail
  getwd() → setwd()

• Réinitialiser les extensions attachées

^*Valeur par défaut v4.0.0 (Kurt Hornik: stringsAsFactors).

help(rm)

• Dans une console
  • Via le raccourci Ctrl+D
  • Via la fonction q() dans une console

• Dans RStudio :
  • Via le raccourci Ctrl+Shift+F10
  • Via le menu
    

• .Renviron - contient des variables d’environnement
• .Rprofile - contient du code

• .Renviron - contient des variables d’environnement

• .Renviron - contient des variables d’environnement

R_MAX_NUM_DLLS=300
GITHUB_PAT=abc123
TZ='Etc/UTC'
R_LIBS_USER=~/R/%p/%v

La variable R_PROFILE_USER permet de définir à partir de quel répertoire le .Rprofile est chargé.

R_PROFILE_USER=~/.Rprofile # Par défaut

• Définir un dépôt CRAN
• Écrire un message d’accueil
• Personnaliser l’invite de commandes
• Modifier les options d’affichage (p.ex., largeur en nombre de caractères options(width = 120))
• Charger des extensions fréquemment utilisées
• Ajouter des raccourcis et/ou alias à des fonctions
• …

Mais, ATTENTION !

Ce qui figure dans le fichier .Rprofile :

• Ne doit avoir aucune incidence sur un script .R ou .Rmd
• A pour objectif d’être utilisé uniquement de façon interactive (directement dans la console)

Le .Rprofile est chargé dans l’environnement à chaque execution d’un processus R (Rscript et R).

• --vanilla - pour désactiver le chargement de tous les fichiers de démarrage

• --no-init-file - pour désactiver le chargement du fichier .Rprofile

• --no-environ - pour désactiver le chargement du fichier .Renviron

library(ggplot2)

setwd("/path/to/a/directory/on/my/laptop/data")

df <- read.delim("data.csv")

p <- ggplot(df, aes(x, y)) + geom_point()

ggsave("../figs/scatterplot.png")

library(ggplot2)

setwd("/path/to/a/directory/on/my/laptop/data")

df <- read.delim("data.csv")

p <- ggplot(df, aes(x, y)) + geom_point()

setwd("/path/to/a/directory/on/my/laptop/figs")

ggsave("scatterplot.png")

• Démarrer un projet A :
  1. Démarre R.
  2. Défini le répetoire de travail de R comme la racine du projet A.
• Passer d’un projet A à un project B :
  1. Redémarre R.
  2. Défini le répetoire de travail de R comme la racine du projet B.

• “What They Forgot to Teach You About R” — Jenny Bryan & Jim Hester

• “Project-oriented Workflow” — Jenny Bryan